In passato, importante luogo di commercio marittimo, la città sarebbe stata fondata da marinai arabi verso il XV secolo, prima di diventare la capitale di un regno Sakalava.
Oggi, Mahajanga è popolata da numerose etnie provenienti da tutta l'isola e da immigranti indiani ed europei. La città possiede una bella architettura che testimonia la sua storia: antiche moschee, edifici in stile indiano e anche edifici dell'epoca coloniale, come il mercato coperto. Gli amanti dell'architettura approfittino del proprio viaggio in Madagascar per scoprirla!
L'aspetto marittimo della città è particolarmente piacevole e le spiagge diventano sempre più belle, man mano che ci si allontana dal centro. La sera, si possono gustare spiedini di zebù guardando il tramonto sul canale del Mozambico, atmosfera garantita.