Benché sia isolata dal resto dell'isola, Masoala conta tuttavia più della metà delle specie presenti che si possono scoprire in tutto il paese, il che la rende un vero e proprio santuario naturale. Per proteggere queste specie dalle pressioni che subiscono le foreste, in particolare l'agricoltura a debbio e lo sfruttamento illegale di legname pregiato, le autorità malgasce hanno creato sulla penisola la più grande rete di aree protette del Madagascar: il parco nazionale di Masoala.
Il parco Masoala e la riserva speciale dell'isola di Nosy Mangabe, che hanno una superficie di 240.000 ettari, formano un insieme di formazioni spettacolari. Mangrovie, foreste umide, barriere coralline sono il rifugio di un gran numero di uccelli (102 specie) e di lemuri (10 specie), ma anche di specie vegetali stupefacenti come le piante carnivore nepente.